Dans le cadre du projet I-SITE agroécologie en BFC, des scientifiques de l’UMR Agroécologie de l’INRA mènent des recherches sur (i) le pathogène aphanomycès présent sur les cultures de pois, et sur (ii) les champignons mycorhiziens. 2 sites dans la Nièvre et 5 sites en Côte d’Or, faisant tous partie du réseau régional de systèmes agroécologiques suivis dans le projet, ont été sélectionnés pour être le support de suivi des populations microbiennes. 9 parcelles ont été choisies pour ce suivi : 4 en semis direct et 5 avec travail du sol.

Ces parcelles sont suivies sur 3 ans, de 2018 à 2020, afin d’étudier la dynamique des populations microbiennes en lien avec une culture de pois qui sera implantée sur 2018-2019 ou 2019-2020. Cette dynamique des populations est suivie via 5 campagnes de prélèvement de sol rhizosphérique (sol adhérant aux racines de la plante) : fin mai 2018, fin novembre 2018, fin mai 2019, fin novembre 2019 et fin mai 2020.

Sur chaque parcelle, 5 points de prélèvement géoréférencés sont réalisés. Les prélèvements se font toujours aux mêmes endroits au cours du temps.

Afin d’étudier la dynamique des populations microbiennes, chaque échantillon va faire l’objet de différentes analyses telles que :

• Analyses physico-chimiques (texture, pH, C, N, CaCo3, P2O5, etc.)
• Analyses de biomasse microbienne (quantité d’ADN par g de sol)
• Séquençage ADN afin de regarder les structures de population microbiennes, avec notamment un focus sur les populations microbiennes pathogènes et les champignons mycorhiziens.

Ce travail se fait en étroite collaboration avec Génosol.

Fin mai-début juin 2018, la première campagne a ainsi pu avoir lieu : les 9 parcelles ont été échantillonnées avec l’aide précieuse de Génosol et des expérimentateurs / agriculteurs.

La deuxième campagne est actuellement en cours de préparation, elle est prévue pour novembre 2018.